A protagonista é a caçadora de recompensas Samus Aran, que ao explorar o planeta SR388 obteve um ovo Metroid no final do jogo anterior, possivelmente o último de sua espécie. O ovo chocou pouco tempo depois, e a pequena larva Metroid que surgiu dele se apegou à heroína, acreditando ser sua mãe. Samus decidiu doá-lo para a Colônia Espacial Ceres, onde poderão ser feitas novas pesquisas com o “filhote” e também aproveitar seu poder para fins positivos. Porém, o pirata espacial Ridley, antigo inimigo de Samus, invade a colônia, mata todos os cientistas e sequestra a larva. Cabe a Samus a tarefa de destruir Ridley de uma vez por todas e resgatar o pequeno Metroid; por isso ela o segue até o planeta Zebes novamente, onde também se passa o primeiro jogo da série.
A série Metroid sempre foi conhecida por seu elemento de exploração, diferente da maioria dos outros jogos da época. Todas as áreas são interconectadas e é possível explorar todo o cenário, voltar para o ponto inicial, descobrir novas armas e armaduras para prosseguir e descobrir novas áreas, necessárias para prosseguir no jogo. A série Castlevania, contemporânea de Metroid, também utilizou elementos similares a este em diversos de seus jogos, mas foi Metroid quem introduziu esse conceito e utilizou com cuidado e grande desenvolvimento em todos seus capítulos.
E Super Metroid não foi a exceção; pelo contrário, tornou-se o capítulo da série que mais expandiu e elaborou esse conceito até então, não sendo tão claustrofóbico quanto Metroid II e nem tão repetitivo quanto o primeiro Metroid. Como resultado, o sistema do jogo acabou se tornando um dos mais influentes já feitos. A atmosfera desolada do jogo, os vários caminhos e decisões que podem ser tomadas, como o resgate de alguns animais no planeta, as diversas armaduras e os power-ups, só aumentam seu fator replay, que já é alto – considerando as recompensas que podem ser obtidas no final dependendo de seu tempo e desempenho.
Em matéria de técnica, Super Metroid também não faz feio. Os gráficos são belos, detalhados e bem construídos, e a excelente trilha sonora composta por Kenji Yamamoto e Minako Hamano não poderia ser mais apropriada à exploração do planeta Zebes. A jogabilidade é simples; o jogador não precisa de mais de três botões para executar as funções do jogo. Mas especialmente nesse caso, simples está bem longe de ser ruim, pois é a sua leveza que transforma a experiência de jogar Super Metroid em algo ainda mais divertido.
São poucos os jogos que conseguem ser tão influentes e atemporais após tanto tempo de seus lançamentos originais. Super Metroid foi lançado há dezoito anos, e ainda é capaz de surpreender o jogador a cada instante, não soando datado em nenhum momento. Apesar de ter sido um fracasso de vendas no Japão e não ter vendido tão bem no Ocidente quando foi lançado, o tempo fez justiça a esse jogo e hoje em dia ele é merecidamente aclamado como um dos melhores jogos já feitos, pela crítica, pelo público e por desenvolvedores de jogos, que até hoje tentam replicar fielmente um sistema de jogo tão sensacional, considerado uns dos melhores jogos da Snes.
